Создали тикет WCS-3963, о прогрессе сообщим здесь.
Как временное решение, можно использовать контейнер ts, там аудио дорожка идет в одном контейнере с видео, и такой проблемы не должно быть:
ll_hls_fragmented_mp4=false
Это нормальное поведение для m4s контейнера, аудио идет отдельной дорожкой...