1. При обновлении не поменялся systemd файл webcallserver.service, в нём остались строки:
User=root
Group=root
Из-за этого pid и логи создавались от root'a.
2. Не баг, но можно было бы встроить проверку или уведомление о том, что нужно перемонтировать /hugepages от flashphoner пользователя.