Это не запрещено, но не рекомендуется, т.к. может приводить к излишнему транскодингу звука, поскольку в HLS и WebRTC используются разные кодеки.
Так быть не должно, и у нас это не воспроизводится. Скорее всего, проблема в настройках. Проверим ваши репорты и уточним. Возможно, по результатам...