В WCS 5.2 настройки логирования задаются в файле /usr/local/FlashphonerWebCallServer/conf/log4j.properties. Подробнее здесь.
Этот файл не переписывается при обновлениях, поэтому при обновлении сервера настройки сохранятся. Изменения в файле применяются немедленно, без перезапуска сервера.
О том...