certbot не должен быть никак связан с WCS
Он обычно делает свою работу и складывает файлы в папку /etc/letsencrypt
Другое дело, если дальше начинают работать скрипты, которые например импортируют эти сертификаты в WCS и перезагружают ядро, например через CLI.
Поэтому нужно разобраться что именно...