Добрый день.
Убедитесь что старые скрипты не закэшировались в браузере, а именно скрипт flashphoner.js.
Мы еще раз перепроверили с демо сервером wcs5-eu.
Работает без ошибок в Chrome Version 61.0.3163.100 (Official Build) (64-bit)
1. Публикуем поток с Flash Streaming.
2. Забираем в Embed Player по MSE, делаем Play.
3. Далее останавливаем воспроизведение, делаем Stop.
4. Потом опять Play.
Консоль браузера чистая, ошибок нет.
Если у вас продолжает воспроизводиться, пришлите пожалуйста версию браузера, OS, скриншоты с нашим демо.
https://wcs5-eu.flashphoner.com/client2/examples/demo/streaming/embed_player/sample.html