Добрый день.
Настройка periodic_fir_request заставляет сервер периодически (по умолчанию, каждые 5 секунд, это регулируется настройкой periodic_fir_request_interval) запрашивать ключевые кадры у источника потока. Возможно, источник потока проставляет некорректные метки времени. Поток записывается, как есть, сервер в нем ничего не меняет (за исключением Sorenson Spark, его сервер транскодирует в H264).