У нас в настройках сервера flashphoner.properties приоритетный кодек H.264
codecs=opus,alaw,ulaw,g729,speex16,g722,mpeg4-generic,telephone-event,h264,vp8,flv,mpv
Возможно поэтому там работает, а у вас нет. Что у вас в этой настройке прописано?
По нашим тестам, VP8 лучше для публикующих WebRTC...