Подскажите, какими потоками вы кормите микшер?
H.264 или VP8 ?
Кодек должно быть видно в webrtc-internals при публикации потока.
Микшер - это прежде всего сложный транскодер, который декодирует несколько потоков, собирает в одну картинку и кодирует заново.
Должен обрабатывать. Проверим...