Пишет, что домен возможно не соответствует или порт занят.
Убедитесь, что DNS корректно указывает на IP адрес сервера и порт 80 или 443, который использует Letsencrypt, не занят другим приложением.
Встроенный certbot возможно устарел.
Если планируете использовать letsencrypt, лучше скачать certbot с их официального сайта.
Tagline
certbot.eff.org
После того, как сгенерируете сертификаты, у вас будет несколько файлов в /etc/letsencrypt
Далее надо зайти в админку admin : admin и импортировать эти сертификаты через веб интерфейс, как показано в документации.
docs.flashphoner.com