Добрый день.
В сборке 5.2.693 добавлена возможность указать водяной знак для каждого транскодера при его создании по REST API, см документацию здесь. Кроме того, водяной знак, фон и размещение картинок могут быть определены для каждого микшера.
Также в документацию добавлено описание примера...